Le territoire français est au centre de l'aire de répartition d'Austropotamobius pallipes pallipes (APP) ou écrevisse à pieds blancs. Cette écrevisse est la principale espèce autochtone sur le territoire national. Néanmoins, les populations sont en perpétuelle baisse depuis une vingtaine d'années. Le département de l'Yonne n'échappe pas au déclin généralisé de cette espèce à forte valeur patrimoniale, présentant un intérêt certain dans le fonctionnement et l'équilibre des écosystèmes aquatiques.

Les études et prospections menées conjointement depuis quelques années par la fédération de pêche de l'Yonne, le Parc Naturel Régional du Morvan, et le service départemental de l'ONEMA permettent de caractériser précisément l'état des populations à l'échelle du département de l'Yonne. Ces observations ont mis en avant un contexte astacicole très précaire et fortement dégradé. Ainsi, le département de l'Yonne compte actuellement huit ruisseaux partiellement colonisés, ce qui représente un linéaire cumulé de 0,16 % du linéaire hydrographique départemental.

Les raisons de ce déclin sont nettement déterminées avec la dégradation des milieux due aux pratiques agricoles et sylvicoles intensives, associées aux travaux de curage ou de rectification. En parallèle, des introductions historiques d'écrevisses allochtones ont engendré un processus de compétition et provoqué d'importantes attaques fongiques décimant des populations d'APP.

Suite à ces constats, la fédération de pêche de l'Yonne a mise en œuvre une politique de protection des APP, indispensable pour la conservation de cette espèce. Malgré un panel d'outils réglementaires, les Arrêtés Préfectoraux de Protection des Biotopes (APPB) semblent l'outil réglementaire le plus approprié à la vue des problématiques existantes. Cet acte qui s'apparente à une mesure de police administrative permet de réglementer voire d'interdire certaines activités. Dans l'Yonne, les sites visés par cet acte s'étendent sur un territoire restreint où les facteurs perturbant les populations sont récurrents ce qui facilite d'autant plus la conception des APPB.

Un certain nombre d'espèces végétales et animales introduites par l'homme peuvent, par leur prolifération, provoquer un déséquilibre dans le fonctionnement des milieux aquatiques et humides. Des travaux d'identification des espèces invasives, de leurs distributions géographiques et d'étude de leurs impacts sur les milieux et leurs fonctionnalités doivent être entrepris afin de déterminer quelles interventions sont à mettre en place en cohérence avec l'intégrité des milieux naturels mais également leur utilisation (production, maintien de la ressource, activités de loisirs).

L'agence de l'eau du bassin Seine-Normandie a ainsi souhaité réaliser un état initial de l'état des invasions sur le bassin, de l'état des connaissances sur ces espèces et de l'implication des acteurs et gestionnaires du bassin. Ce travail a été entrepris dans le but de fournir un outil d'aide à la décision, d'élaborer un outil de suivi, de déterminer quelle implication l'agence doit avoir vis-à-vis de cette problématique.

Suite à la collecte des données auprès d'une majorité d'acteurs ou gestionnaires, se révèle la présence d'invasions biologiques au sein des milieux aquatiques et humides du bassin Seine-Normandie. Le degré d'invasion et les impacts sur la biodiversité et les milieux sont différents en fonction du site, de l'espèce, des activités et des enjeux.

Par rapport à d'autres bassins, Seine-Normandie parait être un peu épargné, notamment en ce qui concerne les secteurs Vallées de Marne et Seine-amont. Toutefois, le ragondin, rat musqué, les écrevisses américaines et la renouée du Japon sont présents sur l'ensemble du bassin et présentent un impact souvent important sur la biodiversité, les milieux ou les usages. Ces espèces très présentes continuent de proliférer et d'augmenter leur aire de répartition géographique ; l'enjeu serait d'arriver à limiter leur extension et de pouvoir contrôler durablement et à grande échelle leurs populations et dynamiques.

D'autres espèces dont les populations sont encore isolées ou ponctuelles sont responsables de nuisances pouvant être conséquentes. C'est notamment entre autre, le cas de la jussie, des asters américains ou du myriophylle du Brésil. Ces espèces sont en phase de colonisation et une action d'éradication sur les petites stations est préconisée en vue d'empêcher leur extension d'aire d'habitat et ainsi l'apparition d'impacts très importants sur les milieux dont la gestion se révèle chère et difficile.

Enfin, d'autres espèces sont limitées par le climat ou bien se sont implantées sans perturber (pour le moment) les écosystèmes.

Les entretiens avec les acteurs et gestionnaires ont rendu compte de la diversité des réalisations de gestion sur différentes espèces, avec des résultats plus ou moins probants. Il en ressort néanmoins, là où les problèmes se font le plus ressentir, une volonté d'obtenir plus de connaissances (ou de formation) concernant ces espèces invasives, ainsi que la mise en place de protocoles de gestion ou de sensibilisation coordonnés et étudiés (réseau de collecte, de veille) en vues d'actions plus effectives et efficaces.

En tant qu'organisme participant à la gestion du bassin, possédant un pouvoir de décision, d'aide financière et d'animation, et devant appliquer les plans des politiques publiques environnementales, l'Agence de l'Eau et son comité de bassin peuvent participer à la mise en place d'action de gestion concertée, collective et intégrée, afin de participer à la préservation des milieux et d'appliquer une gestion en cohérence, avant tout, avec les orientations de gestion de préservation des milieux et également avec les intérêts sociétaux.

L'agence de l'eau Seine-Normandie, s'est engagée, en janvier 2005, dans une démarche prospective participative sur les zones humides afin de construire une analyse stratégique à long terme susceptible d'orienter l'action publique en leur faveur. Cette prospective vise à répondre aux questions suivantes : quelles zones humides l'action publique doit-elle particulièrement cibler ? Sur quelle justification et quel argumentaire peut-elle être fondée ? Quels acteurs doit-on et peut-on mobiliser ?

L'exercice de prospective a mobilisé un groupe de travail rassemblant les différents représentants des défenseurs des zones humides, le choix ayant été fait de mener une démarche prospective au service des acteurs qui aujourd'hui s'engagent dans la défense de ces milieux.

Cette démarche, engagée de janvier 2005 à l'automne 2006, a d'abord permis de construire une "base" pour réfléchir : une vision d'ensemble du système où se joue l'avenir des zones humides du bassin (grands types de territoires aux dynamiques d'évolution spécifiques, archétypes des différentes situations stratégiques des zones humides), ainsi qu'une rétrospective de l'évolution des zones humides du bassin depuis les années 1960.

Un scénario tendanciel et trois scénarios contrastés ont ensuite été élaborés, à l'horizon 2030. Chacun de ces scénarios traite des trois items qui sont apparus déterminants pour l'évolution des zones humides : les forces économiques (croissance, degré de mondialisation de l'économie notamment) ; le mode d'expression dominant de la demande sociale à l'égard des espaces (poids respectifs du marché, de la société civile et de la planification publique en la matière) ; les politiques publiques (importance relative de l'environnement et thèmes prioritaires d'intervention publique). C'est sur la base de combinaisons d'hypothèses sur ces trois grands déterminants que le groupe de travail a bâti les trois scénarios contrastés :
- Scénario 1, entre "développement durable" et "bonne gouvernance" : quelle place pour les zones humides ?
- Scénario 2, autosuffisance, sécurité et développement durable :
des zones humides sous contrainte d'efficacité.
- Scénario 3, la décroissance libérale : les zones humides entre prestige et "système D".

Enfin, le prestataire a produit une note stratégique qui exploite l'ensemble de ces produits, ainsi que les discussions auxquelles ils ont donné lieu au sein du groupe de travail. Cette note propose des éléments de réponse aux interrogations stratégiques qui ont motivé la démarche.

Les zones humides sont, depuis la loi sur l'Eau de 1992 et le SDAGE de 1996, reconnues comme étant des entités de notre patrimoine qu'il convient de protéger et de restaurer. Depuis 2000, l'ensemble des travaux relatifs à la Directive Cadre sur l'Eau, rappelle la contribution significative de ces zones humides à l'atteinte des objectifs de bon état des masses d'eaux. Plus récemment la loi relative au Développement des Territoires Ruraux précise la définition juridique de la "zone humide" et renforce sa protection.

Malgré tous ces textes, il n'existait pas jusqu'à maintenant de cartographie et base de données homogènes localisant et caractérisant l'ensemble des zones à dominante humide du bassin Seine-Normandie. C'est désormais chose faite grâce à un important travail de photo-interprétation réalisé par un consortium franco-belge (Gallia, I-mage Consult - Le Cere) sous maîtrise d'ouvrage Agence, avec un comité de pilotage associant experts universitaires, la Diren de bassin et l'IFEN.

L'approche générale consiste à créer dans un premier temps, à l'aide de diverses couches géographiques disponibles, un masque binaire permettant de discriminer des zones présumées humides ou non humides. Ensuite, à l'intérieur des zones présumées humides, on interprète, visuellement sur écran, des orthophotoplans (images aériennes orthorectifiées) couleur à très haute résolution (taille du pixel : 5m), en association avec des relevés de terrain et d'autres sources d'informations brutes ou traitées, disponibles sur l'ensemble du bassin (compositions colorées et classifications d'images satellitales de type Landsat ETM+, fond topographique au 1:25.000, cartes géologiques au 1:50.000, etc. Il s'agit donc d'une méthode hybride alliant : traitements analogiques (PIAO), traitements numériques (Image Satellite, données altimétriques (MNT), données thématiques…) et relevés de terrain (clé d'interprétation et validation).

Suite à une phase pilote portant sur 10 sites test, une typologie à deux niveaux (8 types et 16 sous-types), compatible avec les classifications CORINE Biotope et EUNIS, a été établie puis utilisée.

C'est la première opération de cartographie des zones à dominante humide sur une telle surface (100 000 km²) et avec cette précision (1/50 000è - sites de plus de 1 ha). Après vérification de plus de 400 points de terrain, les résultats s’avèrent fiables à plus de 90 %. Les 10 % d'erreurs sont liés à des limites techniques et des contraintes budgétaires, notamment dues à l'importance de la zone d'étude qui rend impossible une campagne de terrain exhaustive.

A noter que la surface de zones à dominante humide est encore plus réduite que ce que les estimations pressentaient : avec 4543 km² elle ne représente plus que 4,8 % du bassin, soit à peu près un tiers de ce qu'elle devait représenter avant l'avènement du modèle d'agriculture intensive (estimation par calcul d'indices topographiques prenant en compte la géologie).

Ce premier travail a plusieurs finalités complémentaires :
- Améliorer la connaissance : constitution d'un premier bilan, une sorte d'état de référence des zones humides du bassin, ce qui permettra de suivre l'évolution de ces espaces. (intégration au référentiel SIG de l'Agence).
- Etre un support de planification et d'évaluation pour l'Agence et ses partenaires, notamment dans le cadre de la mise en œuvre de la DCE, de la révision du SDAGE et du 9è programme d'intervention.
- Etre un support pour l'instruction des demandes d'aides en charge des Directions de Secteur, et pour la mise en œuvre de leurs Plans Territoriaux d'Actions Prioritaires (PTAP).
- Etre un outil de communication interne et externe, en terme d'information et de sensibilisation.
- Etre un outil d'aide à la décision pour les collectivités territoriales,
- Etre une base pour des cartographies plus fines (loi DTR), avec financement de l'Agence.

Rapport d'études

Annexes

La politique communautaire dans le domaine de l'eau à travers la Directive Cadre Européenne sur l'Eau (DCE) définit un objectif de reconquête écologique visant à atteindre d'ici 2015 un bon état quantitatif et qualitatif des écosystèmes aquatiques et des eaux souterraines. En 2004, dans le cadre de la DCE sur l'Eau, un état des lieux du bassin Seine-Normandie a clairement identifié un fort enjeu de protection et de restauration des zones humides. Il est en effet démontré aujourd'hui que ces milieux peuvent contribuer au bon état écologique des eaux par leurs fonctions multiples d'épuration des eaux, de rétention de crues, de réservoir de biodiversité…

C'est pour cette raison, que l'Agence de l'eau Seine-Normandie, dans le cadre des travaux de mise en œuvre de la DCE, et de la mise en place de son 9è programme, a souhaité identifier les secteurs les plus efficaces ou stratégiques vis-à-vis de la rétention des nitrates, des crues de manière à définir des actions de protection ou de restauration sur ces sites "efficaces” et cela en relation étroite avec les acteurs locaux. L'équipe de chercheurs du PIREN-Seine a engagé depuis plusieurs années pour le compte de l'Agence des travaux relatifs à l'élaboration d'une typologie fonctionnelle des zones humides à l'échelle du bassin Seine-Normandie permettant de caractériser leur fonctionnalité.

Ce stage, financé par l'Agence, s'inscrit dans la continuité de ces travaux de recherche et s'est focalisé sur l'identification de facteurs "stratégiques" sur lesquels l'Agence est susceptible d'intervenir pour améliorer le fonctionnement des zones humides en terme de rétention des nitrates et de régulation des crues. Les recherches effectuées dans le cadre de ce stage identifient :
- les surfaces vulnérables vis-à-vis des deux fonctions considérées (rétention des nitrates et régulation des crues) ;
- de nouvelles applications, inspirées des précédents travaux, qui donnent lieu à la définition d'un nouvel indice multicritère caractérisant ces deux fonctions.

Aujourd'hui, la détermination d'indicateurs "stratégiques" et la définition d'un nouvel indice permettent à l'Agence de disposer d'une évaluation simple contribuant à la sélection d'actions. L'évaluation qualitative des différents indicateurs, les bases de données servant à les renseigner, la définition de l'indice final… sont amenés à évoluer avec les avances scientifiques dans ce domaine. Cependant, ces différents travaux permettent de donner une vision générale de la situation des zones humides sur le bassin Seine-Normandie, qui demande à être précisée par des validations sur le terrain, à des échelles d'études plus fines. D'autre part, cette étude devrait permettre d'amorcer de nouvelles pistes de réflexion quant à la définition et la délimitation des Zones humides d'intérêt Environnemental Particulier, ZHIEP, et des Zones Humides Stratégiques pour la Gestion de l'Eau ZHSGE, prévues dans le cadre de la nouvelle loi sur le Développement des Territoires Ruraux (loi DTR, 2005).

Le territoire français est au centre de l'aire de répartition d'Austropotamobius pallipes pallipes (A.P.P) dite écrevisse à pieds blancs. A. pallipes est la principale espèce d'écrevisse autochtone sur le territoire français et à ce titre, la plus répandue sur l'ensemble du territoire métropolitain. Malgré une large répartition nationale et européenne, les populations d'écrevisses à pieds blancs sont en perpétuelle baisse depuis une vingtaine d'années. Le département de l'Yonne n'échappe pas au déclin généralisé de cette espèce à forte valeur patrimoniale, présentant un intérêt certain dans le fonctionnement et l'équilibre des écosystèmes aquatiques.

Les résultats des inventaires préliminaires montrent que sur ces têtes de bassin, les discontinuités écologiques sont le plus souvent dues à des ouvrages de franchissement des cours d'eau : buses et ponts mal calés ou bouchés (1,6 "ouvrage infranchissable" en moyenne par kilomètre sur la Coulandre, le Lembron et la Gine sur le bassin de la Rouvre, Patrick Battier pour le Contrat rural de la Rouvre , 2005). Quant aux montants financiers nécessaires pour la restauration de cette continuité, ils sont très importants : par exemple, 600 k€ estimés sur les bassins du Beuvron, du Lerre et de l'Airon, soit plus de 500 km de cours d'eau sur les départements de l'Ile-et-Vilaine, de la Manche et de la Mayenne, Hydroconcept pour BS2A, 2007. Par ailleurs, si les bénéfices doivent être perceptibles pour les populations de poissons et éventuellement de crustacés, on peut aussi considérer que ce type de restauration répond à une perturbation du fonctionnement hydromorphologique des cours d'eau.

En partenariat avec la Fédération de la Manche pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique, la Cellule d'Animation Technique pour l'Eau et les Rivières de Basse-Normandie a donc proposé une première approche pour évaluer les perturbations induites par un obstacle jugé infranchissable et estimer l'efficacité des interventions préconisées. Il s'agit d'un préliminaire à un protocole de recherche plus complet qui sera établi dans un second temps.

Sur le ru du Houssaye, affluent du ruisseau de la Costardière, lui-même affluent de la Sée au sud de Brécey, une buse de franchissement de cours d'eau par un chemin d'exploitation agricole a été diagnostiqué "infranchissable" à 90 % et fait l'objet d'un projet de remplacement en 2008 par un ouvrage plus adapté et mieux calé par rapport au lit du cours d'eau. Pour réaliser un état initial avant les travaux programmés en 2008 qui ont pour objectif de restaurer la continuité biologique sur ce tronçon de cours d'eau, des pêches électriques ont été réalisées grâce au concours de la FMPPMA en juillet 2007. Lors des mesures biométriques, un prélèvement des nageoires adipeuses des truites communes (Salmo trutta fario) a ainsi été réalisé sur 30 individus à l'aval de l'obstacle infranchissable ainsi que sur 30 individus à l'amont de l'obstacle. Ces prélèvements ont été envoyés pour analyse du génotypage au Laboratoire Genindexe situé à la Rochelle. L'interprétation et le traitement statistique des données ont été confiés à l'UMR CNRS, Génétique et Biologie des Populations de Crustacés, de l'Université de Poitiers.

Il ressort des premiers traitements que la buse a eu un impact sur la structuration génétique de la population de truites. Même si les dévalaisons sont plus fréquentes que les remontées qui restent exceptionnellement possibles, elles n'ont pas permis l'homogénéisation de la composition génétique des deux sous populations. Toutefois, cette fragmentation n'a pas diminué fortement la diversité génétique des deux populations, ce qui tend à montrer que la taille de chaque sous population a été suffisante pour limiter la perte de variabilité génétique (cours d'eau proche du bon état écologique). Il reste que ces deux populations présentent des allèles spécifiques pour certains locus, ce qui renforce également le fait que ces populations sont génétiquement différenciées.

La directive cadre sur l'eau (DCE) impose de nouveaux standards chimiques par l'utilisation de normes de qualité environnementale. Celles-ci sont actuellement provisoires et concernent uniquement le support eau. Cependant des projets de transposition aux tissus organiques sont étudiés et sont à anticiper afin de répondre rapidement aux exigences européennes. Le sujet abordé : étude de l'état de contamination du biote et notamment de la faune piscicole sur le bassin Seine-Normandie par les micropolluants, entre dans cette optique d'anticipation. Précisons que les "micropolluants" se restreignent aux substances prioritaires de la DCE et à certaines molécules de la dite "liste II de 99 substances".

Différents points sont abordés au cours de l'étude. Dans un premier temps, une recherche d'analyse de micropolluants dans les poissons auprès des acteurs du bassin est réalisée. Cela permet d'entreprendre une exploitation commune de ces données et de celles commanditées par l'agence. Il en découle des résultats mais aussi des zones d'ombre liées en partie aux paramétrages des prélèvements. L'étude s'oriente alors sur la notion de réseau biote afin de comprendre les dysfonctionnements précédents.

Au final, la recherche peu fructueuse montre le manque de données à ce sujet. Celles trouvées servent à conforter les analyses "Agence" d'anguilles, qui révèlent une contamination par les PCB (notamment PCB-DL) dans les poissons, dépassant dans certains cas les seuils sanitaires. Un classement des contaminants des espèces piscicoles est effectué et met en avant la nécessité de suivre dans les poissons les PCB, le mercure, les phtalates et certains HAP. Associé à cette notion d'élaboration de réseau, une recherche bibliographique a permis de déterminer les espèces ubiquistes sur le bassin (chevesnes, chabot, vairon, loche franche) et d'étayer le choix fait dans le plan PCB (anguille, gardon), avec malgré tout une certaine réserve.

Afin d'exploiter et stocker les données durablement, une base de donnée a été créée ainsi qu'un outil d'aide à la décision reprenant les résultats trouvés.

Une étude piscicole sur le ruisseau de Sinotte et son principal affluent, le ruisseau du Carreau, a été réalisée en 2006. Pour ce faire, 11 stations d'étude ont été choisies sur le cours de ces ruisseaux et des inventaires piscicoles y ont été réalisés en mai 2006. La cartographie des habitats piscicoles a été faite ainsi que des suivis thermiques en continu. Toutes les stations échantillonnées étaient colonisées par le poisson, pour un total de 12 espèces de poissons.

Aucune espèce de poisson n'est présente sur la totalité des stations d'étude, tandis que 5 espèces sur 12 n'ont été capturées que sur une seule station. Le peuplement piscicole mis en évidence est dominé par la truite fario et ses espèces d'accompagnement courantes. La vocation salmonicole du ruisseau de Sinotte est bien établie. Le chabot et la truite fario ont la plus forte occurrence d'apparition suivis de près par la loche franche, le vairon et la lamproie de planer. Les espèces des milieux plus potamiques sont représentées mais restent fortement liées à la proximité de la confluence avec l'Yonne ou à la présence de biefs. Les abondances totales sont faibles avec une très forte disparité inter-stationnelle.

La concordance entre diversité spécifique observée et théorique décrite à partir du référentiel théorique calculé (B1 à B5) est faible à moyenne. De même, les peuplements piscicoles relevés ne sont pas conformes à la situation de référence pour la plupart des espèces attendues. Celles-ci sont absentes ou fortement déficitaires voir bien représentées mais avec des abondances relatives qui ne correspondent pas au référentiel théorique.

Globalement, la qualité générale du peuplement piscicole est médiocre à moyenne mais l'on note une amélioration qualitative selon un gradient amont aval très marqué. La dégradation des peuplements piscicoles est visible aussi bien dans la diversité spécifique que dans l'abondance des espèces ou dans la structure des peuplements. Ceci est notamment vrai pour les espèces les plus exigeantes vis-à-vis de la qualité du milieu aquatique.

Sur le plan halieutique, bien que la population de truite en place soit en dessous de son potentiel optimal, ce bassin versant conserve un potentiel important et équivalent aux meilleurs ruisseaux salmonicoles icaunais.

Le territoire français est au centre de l'aire de répartition d'Austropotamobius pallipes pallipes (A.P.P) dite écrevisse à pieds blancs. A. pallipes est la principale espèce d'écrevisse autochtone sur le territoire français et à ce titre, la plus répandue sur l'ensemble du territoire métropolitain. Malgré une large répartition nationale et européenne, les populations d'écrevisses à pieds blancs sont en perpétuelle baisse depuis une vingtaine d'années. Le département de l'Yonne n'échappe pas au déclin généralisé de cette espèce à forte valeur patrimoniale, présentant un intérêt certain dans le fonctionnement et l'équilibre des écosystèmes aquatiques.

Les études et prospections menées conjointement depuis quelques années par la Fédération de Pêche, la brigade de l'Yonne du Conseil Supérieur de la pêche et par le Parc Naturel Régional du Morvan permettent de caractériser précisément l'état des populations d'écrevisses. Ces observations ont mis en évidence un contexte astacicole extrêmement précaire et fortement dégradé. Ainsi, le département de l'Yonne compte actuellement huit ruisseaux partiellement colonisés, ce qui représente un linéaire cumulé de 0,16 % du linéaire hydrographique départemental soit moins de 3000 mètres linéaires de ruisseau. Les raisons de ce déclin sont nettement déterminées dans le département. D'une part, la dégradation des milieux due aux pratiques agricoles et sylvicoles intensives, associées aux travaux de curage ou de rectification ont altéré la qualité de l'eau. D'autre part, les introductions historiques d'écrevisses allochtones ont engendré un processus de compétition et provoqué d'importantes attaques fongiques décimant les populations d'A.P.P.

L'analyse diachronique des photographies aériennes des bassins versants concernées ainsi qu'une approche à l'échelle de la végétation rivulaire à permis de caractériser l'habitat préférentiel de l'espèce et d'expliquer sa disparition de certains secteurs. Au vu de ces résultats, la fédération à mise en œuvre une politique de protection de A. pallipes, indispensable pour la conservation de cette espèce.

Malgré un panel d'outils réglementaires, les Arrêtés Préfectoraux de Protection des Biotopes (A.P.P.B) semblent l'outil réglementaire le plus approprié au vue des problématiques existantes. Cet instrument est d'ailleurs largement utilisé pour la protection des milieux et notamment pour les biotopes à écrevisses à pieds blancs au niveau national. Cet engouement s'explique par la souplesse de la procédure ainsi que par une relative simplicité et rapidité de mise en place. Cet acte qui s'apparente à une mesure de police administrative permet de réglementer voire d'interdire certaines activités. Dans l'Yonne, les sites visés par cet acte s'étendent sur un territoire restreint où les facteurs perturbant les populations sont récurrents facilitant d'autant plus la conception des A.P.P.B.

Cette étude (réalisé en 2007) porte sur le ruisseau de Chamoux, affluent situé dans le sud du département de l'Yonne. Ce ruisseau de type salmonicole prend sa source sur la commune de Chamoux et conflue avec le canal du Nivernais au niveau de Chatel-Censoir. De nombreuses sources alimentent le ruisseau tout le long de son linéaire. Ce cours d'eau a subi de nombreuses pressions anthropiques (curage, rectifications, étang, pisciculture…).

L'objectif de cette étude est de dresser un bilan complet de la situation du peuplement piscicole, de mettre en évidence les probables impacts responsable de son altération et de proposer des actions permettant d'obtenir le bon état en 2015. Pour ce faire, 7 stations d'études sont disposées sur le ruisseau et encadrent les différentes pressions. La qualité physique du bassin versant a été étudiée. Chaque station fait l'objet de pêches électriques au cours desquelles les poissons ont été mesurés, pesés et identifiés.
La température étant un paramètre primordial pour les poissons, un suivi thermique a également été mis en place sur toutes les stations.

L'étude approfondie du bassin versant du ruisseau de Chamoux met en évidence de profondes altérations morphologiques du cours d'eau (élargissement et rectification du lit mineur). Le régime thermique présente des anomalies avec une forte amplitude thermique entre l'amont et l'aval. Cette situation est imputée à l'absence de ripisylve et à la présence des étangs à l'aval. L'approche indicielle (Indice Poissons Rivière ou IPR) et typologique des peuplements, c'est-à-dire la comparaison d'un peuplement théorique (obtenu d'après des paramètres mésologiques) et observé met en évidence une forte modification du peuplement piscicole. Les biomasses et densités ne sont pas en cohérence avec ce que l'on peut attendre d'un cours d'eau de type salmonicole. De plus, un certain nombre d'espèces normalement inféodées à ce type de cours d'eau sont absentes ou en faible effectifs notamment la truite fario.

Afin de maintenir une thermie basse et de créer des habitats pour la faune piscicole, des actions de restauration peuvent être envisagées telles la création de ripisylve, la pose de risbermes, le déplacement du lit dans son lit initial… Elles permettraient d'améliorer le peuplement piscicole et contribueraient à l'atteinte du bon état en 2015.