Fiche Résumé 14-AEP-09

Il est désormais admis que la surveillance microbiologique réglementaire de la qualité des eaux, reposant sur le suivi d'indicateurs bactériens de contamination fécale (Escherichia coli, coliformes totaux, entérocoques intestinaux) ne suffit pas à refléter l'absence de pathogènes viraux ou parasitaires. Les progrès faits en automatisation dans le domaine médical apportent de nouveaux appareils prêts à être utilisés en microbiologie de l'environnement. Ainsi, une firme américaine vient de commercialiser un équipement permettant, en une seule analyse et avec un temps de main d'œuvre de quelques minutes, la détection par RT-PCR (analyse moléculaire) d’une vingtaine de pathogènes responsables de gastro-entérites. Ce type d'équipement représente véritablement un saut technologique qui facilitera la détection et l'identification des pathogènes potentiellement véhiculés par l'eau potable grâce à une diminution du temps d'analyse et du coût.

L'objectif de l'étude est, à partir de la méthode multi-détection disponible sur le marché, de développer et valider, pour le domaine de l’eau potable, un nouvel outil permettant, à des coûts compétitifs, une détection rapide, automatique et multi-cibles des micro-organismes pathogènes responsables de gastro-entérites.

Le système de multi-détection testé est appelé FilmArray® (société BioFire). La première phase de l'étude a permis de développer une méthode de concentration compatible à la fois pour les parasites, les bactéries et les virus cibles puis d'évaluer la faisabilité de l'utilisation de ce nouveau procédé dans le domaine de l'eau potable pour l'analyse automatisée, en une heure, des principaux germes responsables de gastro-entérites (panel de 22 cibles comprenant 13 espèces bactériennes, 5 familles de virus et 4 espèces de protozoaires). Les essais ont montré :
- la spécificité de détection vis-à-vis des souches de pathogènes testés,
- des seuils de détection plus bas que ceux décrits dans la littérature,
- des seuils de détection compatibles pour une recherche d’agents pathogènes dans un échantillon d’eau à condition d’appliquer au préalable un protocole efficace de concentration de l’échantillon,
- l’absence d’effet de matrice lié à la concentration,
- un prix total d’analyse très compétitif par rapport aux techniques actuelles de détection,
- la robustesse et la facilité de mise en oeuvre de l’appareil permettant d’envisager l’implantation de telles analyses dans des laboratoires non spécialisés en biologie moléculaire.

Les résultats de cette première phase étant satisfaisants, une seconde phase est envisagée afin d’optimiser le procédé et réaliser une validation technique et économique pour le suivi d'une filière de production d'eau potable qui prélève dans une ressource d’eau superficielle. Le système de multi-détection pourra alors être mis en oeuvre pour gérer les pollutions et pour connaître l’occurrence des pathogènes dans la ressource.